Op grond van de oude inkeerregeling werd geen vergrijpboete opgelegd aan een belastingplichtige die alsnog een juiste en volledige aangifte deed voordat hij wist of moest vermoeden dat de inspecteur op de hoogte was van de onjuistheid of onvolledigheid van de eerdere aangifte. De inkeerregeling is met ingang van 2 juli 2009 gewijzigd. Vanaf die datum is de periode waarbinnen inkeer zonder vergrijpboete mogelijk is beperkt tot uiterlijk twee jaar na het tijdstip waarop de eerdere onjuiste of onvolledige aangifte is gedaan of waarop aangifte had moeten worden gedaan. Wanneer na het verstrijken van twee jaar wordt ingekeerd is dat een reden om de op te leggen vergrijpboete te matigen. Met het Belastingplan 2018 is de inkeerregeling afgeschaft. 
Het EVRM en het IBPVR bepalen dat niemand mag worden veroordeeld voor een feit dat niet strafbaar was ten tijde van het handelen of nalaten. Ook mag geen zwaardere straf worden opgelegd dan de straf die ten tijde van het begaan van het strafbare feit van toepassing was.

De vraag in een procedure over de toepassing van de inkeerregeling was of door de wijziging van de wet per 2 juli 2009 een zwaardere straf werd opgelegd aan de inkeerder dan de straf die ten tijde van het begaan van het stafbare feit van toepassing was. Volgens de rechtbank ligt de inkeerregeling als algemene vervolgingsuitsluitingsgrond in de sfeer van het materiële boeterecht. De rechtbank merkte de regeling aan als een strafbepaling en niet als een bepaling met betrekking tot de uitvoering of handhaving van de straf. Voor zover door de gewijzigde bepalingen sprake was van strafverzwaring oordeelde de rechtbank dat deze bepalingen in strijd waren met het EVRM en het IVBPR. De rechtbank vernietigde de vergrijpboetes die over de jaren 2004 tot en met 2007 waren opgelegd.